肛門感染尖銳濕疣后，不管濕疣位于肛內或肛外，都要先通過物理治療手段把疣體去掉，再通過其它方法如上藥、光動力療法或注射藥物等讓病毒盡可能減少，盡可能降低復發率。 肛門雖然不屬于生殖器，但與生殖器的距離很近，通常認為肛門屬于廣泛意義上的生殖器，所以肛門感染尖銳濕疣的可能性較大。肛門部位的尖銳濕疣通常會導致肛門內出現疣體，所以肛門感染尖銳濕疣后，建議去醫院進行檢查，其檢查部位包括肛門外和肛門內。如果患者沒有同性的性接觸或由于前列腺等問題需要在肛內進行上藥，則病毒可能只存在于肛門外，此時可以先治愈肛門外的尖銳濕疣，再檢查肛門內的情況。如果懷疑患者肛內、肛外均有尖銳濕疣，則可以直接進行檢查，不用考慮由于檢查本身把病毒帶進肛內的可能。