手足口病的病毒目前沒有有效的抗病毒藥物，一般用的就是對癥的小中藥，如健兒清解液、豉翹清熱解毒口服液、小兒感冒沖劑等，對癥退熱、對癥止瀉、對癥觀察。大部分的手足口病是自限性疾病，嚴重的手足口病毒感染會引起中毒性心肌炎、病毒性腦炎，此類孩子會有循環呼吸的問題，進而會威脅孩子生命。但最近有手足口病的疫苗，對于部分3歲以下容易患手足口病的孩子，可以注射手足口病的疫苗，預防重型的手足口病。手足口病是一組病毒引起的綜合征，并不是特殊的病毒引起來的單一癥狀。引起手足口綜合征這組癥狀的病毒，常見的包括EV71病毒、Cox病毒A組，這些病毒，特別是EV71病毒，容易引起重型的手足口病。現在的疫苗主要也是滅活的EV71病毒疫苗，能預防重型手足口病。注射手足口病疫苗以后，重型手足口病的感染率會大幅降低，比得了病以后再對癥的用藥要好的多。