耐多藥肺結核患者的癥狀與普通肺結核患者的癥狀相同，一般情況下，耐多藥肺結核患者的常見癥狀為咳嗽、咳痰、胸痛、咳血，同時患者可能會伴有潮熱、盜汗、乏力、消瘦等全身中毒癥狀。部分年輕且身體素質較佳的患者，感染耐多藥結核菌后，可能數年內不會出現相應的臨床癥狀。臨床上可見較多耐多藥肺結核患者無任何的相關癥狀，僅是患者體檢時發現自身伴有耐多藥肺結核。如果耐多藥肺結核患者出現呼吸道癥狀或中毒癥狀，一般建議患者于早期進行胸部影像學與PPD皮試檢查，并且定期體檢。