絕大多數小的良性腎囊腫不會出現疼痛癥狀，往往是在體檢時發現，如果囊腫出現了疼痛癥狀，需要做相應的檢查，最常用的是泌尿系統彩超或腹部彩超、腎臟CT來進行確認。如果是良性的囊腫，囊腫出現疼痛時，很可能發生了破裂以及感染的情況，這時在B超上，或腎臟CT上可以明確鑒別診斷，在腰部出現疼痛，而且向腹部或下腹部進行放射，同側的腰肌可能出現痙攣性疼痛，而彎向疼痛側方向。如果是惡性，有可能是囊腫破裂或內部出現了出血造成的，這在腎臟B超上可能鑒別診斷不清楚，做相應的腎臟CT乃至強化CT，或腎臟磁共振可能有助于鑒別診斷，這時發生了疼痛以后，需要泌尿外科來進行積極的切除處理才能使疼痛得到明顯緩解。如果莫名其妙的出現腎囊腫疼痛，而經過檢查以后和腎囊腫關系不大，可能是腎區皮膚、肌肉或骨骼出現了異常造成疼痛，這時就需要仔細的進行鑒別診斷，到底是皮膚炎癥、外傷還是腰肌勞損，還是骨骼的腰椎間盤突出，或骨質增生造成的腎區疼痛。