腦栓塞預防需根據栓塞原因進行。動脈粥樣硬化斑塊不穩定，脫落后會引起腦局部梗死，即腦卒中。預防可以加用藥物穩定動脈粥樣硬化斑塊，如抗血小板聚集的阿司匹林、氯吡格雷，加他汀類降血脂藥物。很多動脈硬化斑塊形成都與高血脂、高血壓有關系，如果同時有高血壓、糖尿病，要控制血壓、血糖。他汀類藥物不僅可以控制血脂，同時可以穩定動脈粥樣硬化斑塊，從而達到預防腦栓塞的目的。 除動脈源性栓塞之外，還有心源性栓塞，有些患者由于心臟瓣膜疾病，如風濕性心臟瓣膜病、房顫或曾更換金屬瓣膜，容易形成心源性栓子，脫落下來可能順血流流至腦動脈引起腦動脈栓塞。對于這種患者治療，在針對心臟疾病治療的同時，要加用抗凝藥物，如華法林、利伐沙班、達比加群，預防腦栓塞，特別是心源性栓塞。