懷孕5周是否可以藥流，取決于B超檢查的結果。若女性在懷孕5周時B超未觀察到明顯的妊娠囊，則不建議進行藥流，因為此時無法完全除外宮外孕的可能性。若妊娠囊較為明確，已經確診為宮內孕，則可以進行相關的藥物流產。藥物流產的條件包括停經天數≤49天，孕產婦的年齡≤40歲以及B超明確診斷為宮內孕，此時才能進行藥物流產。若在懷孕5周時未明確胎囊的存在，則可在6-7周復查B超，確定為宮內孕后再進行藥物流產。進行藥物流產前還需進行術前準備，除心電圖、B超外還需要進行血常規的檢查以了解女性凝血、血小板、血色素以及白細胞的情況。此外，還需進行肝腎功能的檢查，由于藥物流產使用的藥物會對肝腎功能造成損害，若已經處于肝腎功能損害的急性期則不建議進行藥物流產。