肛周膿腫的癥狀主要是疼痛，肛門周圍或肛門本身的強烈疼痛，嚴重的會限制患者行為，比如患者走路會很別扭、很不方便，因為疼痛會出現一種特殊的走路姿勢，還會限制坐位姿勢，可能會避免肛門部位的接觸，這是肛周膿腫的明顯表現，有這樣癥狀的病人首先考慮肛周膿腫。肛周膿腫的這種疼痛，一般早期會出現輕微疼痛，逐漸加重，漸漸地出現強烈疼痛，這個時間一般是3天。也有肛周膿腫的疼痛很強烈，但是外觀看不到膿腫的外在表現，即肛周沒有嚴重的、常規的紅腫熱痛，指診時往往會發現直腸里有一個腫脹的包塊，按之觸痛，有波動感，一般都是黏膜下膿腫。常規的膿腫除了疼痛，外在的肛門局部會出現紅腫熱痛，部分患者會伴有發熱，這是肛周膿腫的一些常見癥狀。