腦積水是否能夠自愈，目前在臨床上存在爭議。以目前經驗來說，大多數腦積水無法自愈，個別腦積水患者去除原發病后，腦脊液循環可能恢復正常，比如個別顱內感染患者，在感染得以較好控制后，腦脊液分泌量會減少，故腦脊液循環通路可能會再通，此類患者無需分流術治療，但其所占比例較少。大部分的腦積水患者，最終需要通過手術進行治療。 腦積水的手術主要有內鏡和分流兩種方式，內鏡對于腦積水的治療，其效果目前仍然有爭議，單純內鏡造瘺術后，部分患者尤其是在兒童患者，很可能復發，因為孩子的大腦在內鏡造瘺術后，后期可能會自行堵塞。若希望獲得遠期比較穩定的緩解，目前首選分流術的方式。分流術的主要方式包括腦室-腹腔分流術和腰大池-腹腔分流術，其中首選腦室-腹腔分流術，因為腰大池-腹腔分流術后，后期分流管堵塞的可能性較高，同時患者可能會出現小腦扁桃體下疝等并發癥，而腦室-腹腔分流術堵塞的可能性遠遠低于腰大池-腹腔分流術。