對于類風濕性關節炎，引起自身免疫反應的因子較多，目前可以查到的類風濕因子便屬于自身抗體。還有CCP抗體(抗環瓜氨多肽抗體)、核周因子、角質蛋白抗體以及抗Sa抗體等，均能在血液中測到，是自身免疫反應產生的自身抗體。關節腔內能測到的自身細胞因子包括腫瘤壞死因子α、白介素-1、白介素-2、白介素-6，目前還能查到白介素-27等，均會參與類風濕性關節炎。這類患者的自身免疫性反應會造成滑膜增生、肥厚，還有新生血管形成，導致血管翳生成。但上述因子也會提供藥物治療、生物制劑制備以思路，即通過針對上述細胞因子所制成的生物制劑治療類風濕性關節炎。