小兒皰疹性咽峽炎主要是對癥處理，如果出現發燒，主要是降溫。兒童常用的退燒藥包括布洛芬和對乙酰氨基酚，布洛芬適用于6個月以上的寶寶及成人，建議24小時使用不超過4次，間隔4-6小時使用1次。而對乙酰氨基酚適用于3個月以上的寶寶及成人，24小時使用不超過4-5次，間隔4-6小時使用1次。在一次發熱病程中，建議使用同種退燒藥，不到迫不得已，避免布洛芬和對乙酰氨基酚交替使用，以免增加藥物副作用。如果是蠶豆病的寶寶，建議使用布洛芬退燒，不建議使用對乙酰氨基酚退燒。同時很多皰疹性咽峽炎的患者可有咽喉腫痛，故還可選用噴咽的藥，包括清熱解毒的噴咽的藥，緩解咽喉腫痛。但皰疹性咽峽炎是病毒感染引起的，一般并沒有特效的抗病毒藥，主要以對癥支持治療為主。同時注意休息，可通過多喝水幫助病毒的排出，從而緩解癥狀。