子宮內膜異位癥的致病原因目前并不明確，其原因有幾種學說，包括種植學說、淋巴及靜脈播散、醫源性種植、體腔上皮化生學說。卵巢表面上皮、盆腔、腹膜均由胚胎期具有高度化生潛能的體腔上皮分化而來，在受到卵巢激素和經血及慢性炎癥反復刺激以后，能被激活轉化為子宮內膜樣組織。誘導學說是指未分化的內膜組織，在內源性生物化學因素誘導下，可發展成為子宮內膜組織，種植內膜可以釋放化學物質，誘導未分化的間充質形成子宮內膜異位組織。