男生喉結不明顯的原因主要有以下幾點：1、生理性原因：多與家族遺傳有關，比如男生的爸爸、叔叔、伯伯等親戚喉結可能也不明顯。若男生的其他第二性征發育都正常，喉結不明顯可能與肥胖有關。因為喉結明顯多見于較瘦或者正常體型的男生，體型偏肥胖的男生脖子可能比較短，更不易看出喉結，建議可以通過減重使喉結明顯；2、病理性原因：如果喉結不明顯的同時合并有性器官異常、無遺精，胡須、腋毛、陰毛等不生長的情況，可能存在雄激素分泌異常即雄激素分泌減少。這種病理情況需要及時就診，完善相應檢查，因為可能影響患者以后的生長發育，甚至生育能力。