對于部分隱匿型陰莖患者，需觀察陰莖隱匿后對功能的影響，可能需要進行手術治療。因陰莖有排尿與進行性生活的功能，關于排尿可能個別完全隱匿者會受到影響，每次排尿時需要將陰莖拉出，還可能存在尿到褲子上的風險，主要會影響外觀。另外，患者勃起時有效長度不足會影響性生活質量，對于部分患者則需要進行懸吊手術或去脂手術使陰莖顯得更長。部分隱匿型陰莖屬于陰莖長度相對正常但被隱藏，多發生于兒童整個陰阜部位脂肪較厚，將陰莖完全隱藏在脂肪內。還有部分成年人如較胖或陰莖結構存在異常，陰莖埋藏在脂肪內，若完全埋藏稱為完全性隱匿，若埋藏部分則成為部分隱匿。