奧美拉唑可以治療慢性胃炎，特別是治療跟過多的酸分泌相關的慢性胃炎。如果慢性胃炎表現為酸過多癥狀，如反酸、燒心、腹痛等，可選用奧美拉唑等抑酸藥物，但并非全部的慢性胃炎均需應用奧美拉唑，如果慢性胃炎無明顯酸過多的表現，僅表現為功能性消化不良的癥狀，此時主要為對癥治療，不需較強抑酸治療。奧美拉唑為質子泵抑制劑，主要作用于泌酸B細胞的氫-鉀-ATP酶。慢性胃炎常見病因為幽門螺桿菌感染，去除病因治療時，可選用奧美拉唑，同時聯合兩種抗生素，以及一種鉍劑，組成四聯療法進行幽門螺桿菌的根除。