扁桃體反復發作最好的根治方法是行扁桃體的摘除術。理論上雖然可以行扁桃體摘除術，但畢竟扁桃體是人體重要的免疫器官，尤其是對兒童，它是一個呼吸道的門戶。選擇摘除扁桃體一定要權衡利弊，過早地摘除扁桃體會引起機體免疫力紊亂，或者外界污染的雜質、塵埃、病原體會直接侵入體內，造成呼吸道或肺部的感染。但是假如反復發作形成病灶，也應該及時行扁桃體摘除，權衡利弊是問題的關鍵。所以平時做到積極地預防，才有利于控制扁桃體反復發作。患者在飲食上應以清淡為主，多食富含維生素的蔬菜、水果，避免辛辣、刺激性食物，控制煙酒，養成良好的飲食習慣。此外，患者平時應該注意適度運動，以增強抵抗力，避免感冒發生，可以避免扁桃體急性、嚴重的反復發作，還可以采用生理鹽水漱口，注意口腔衛生，也是預防扁桃體發炎的一個環節。