免疫性不孕通常指男女雙方不孕，進行分析時未找到明確原因，可能檢查抗精子抗體、抗內膜抗體、抗卵巢抗體等發現抗體陽性，可歸結到免疫性不孕。目前對于抗精子抗體、抗內膜抗體具有爭議，因為部分患者抗體呈陽性，但卻可以正常懷孕。胚胎是半自體移植，有時免疫性不孕指部分患者對自己卵子不排斥，但對來源于父方精子排斥，則此類受精卵無法懷孕。因為排斥來自于父方部分，可能移植過程中要加免疫抑制劑，抵消部分排斥。當進行試管嬰兒時，精子需要進行洗滌，而且整個受精過程是在體外完成，然后形成第3天或者第5-6天的胚胎，再移植回子宮內膜的過程中，可能將抗精子抗體陽性作用抵消，所以不用特別關注抗精子抗體陽性問題。