從上個世紀50年代以后，隨著對紅斑狼瘡早期診斷治療的水平提高，預后已經有很大的改善了，如今在發達國家，系統性紅斑狼瘡5年的存活率已經提高到95%以上。導致紅斑狼瘡死亡的三大主要原因，在上個世紀末被認為是腎功能衰竭、感染和中樞神經系統狼瘡。近年來有不斷的報道，發現感染已經成為了系統性紅斑狼瘡死亡的重要原因，心血管疾病，尤其是動脈硬化導致系統性紅斑狼瘡患者死亡，也顯著增加。 感染是影響系統性紅斑狼瘡預后的重要因素，30%-50%的系統性紅斑狼瘡患者會死于感染，值得重視的是，近年來特殊感染和重癥感染明顯增多，成為這個病的主要死亡原因之一。感染的菌譜特點包括：革蘭氏陰性菌增加，多耐藥菌和高度耐藥菌出現；真菌感染，特別是二重感染增加，除此以外病毒感染也增加。目前系統性紅斑狼瘡常見的感染還是細菌感染，而且最主要的部位是下呼吸道感染，其次是泌尿系統、皮膚、敗血癥、骨骼肌系統。腎臟受累也是系統性紅斑狼瘡最常見的臨床表現，也是預后不良的主要原因。狼瘡性腎炎從隱匿期到終末期腎功能衰竭均可見到，大部分腎炎病人都會出現腎功能減退，腎功能衰竭是系統性紅斑狼瘡主要的死因之一。系統性紅斑狼瘡的神經系統損害會導致高死亡率，患者可以出現昏迷、抽搐、腦血管意外而危及生命，癲癇、卒中、昏迷都是預后差的征兆。 心血管系統損害也是系統性紅斑狼瘡損傷的主要臟器，會導致心絞痛、心梗、心律失常、心力衰竭、猝死。血液系統損害也經常在系統性紅斑狼瘡的病情當中出現，是反映狼瘡病情活動的標志，白細胞下降、惡性貧血、血小板減少都是患者預后不良的主要因素。肺部損害，也是系統性紅斑狼瘡預后不良因素。隨著治療手段的提高，還有早期診斷水平的提高，病死率較之前已經大幅下降了。長期應用激素和免疫抑制劑會引起糖尿病、股骨頭壞死、感染，都會影響患者的預后。雖然目前系統性紅斑狼瘡治療的有效率有所提高，但是系統性紅斑狼瘡患者的病死率仍然是正常人的3倍，平均壽命明顯短于正常人群。