腎穿刺的主要風險是大出血，但大出血的幾率比較小，約1‰-3‰的患者出現大出血，其它風險是誤穿內臟器官，如誤穿到肝、腸，深則誤穿到腎盂，少數患者因出現動靜脈瘺導致血尿，但風險較小，可以用血管介入技術把破損的血管堵住。對于腎功能較差或者單側腎萎縮的患者，腎穿刺需非常慎重，為規避風險，要先評估透析患者的腎臟、腎功能及凝血功能。只有單個腎或者對側腎臟有萎縮的患者，或者兩個腎臟均萎縮的患者，不建議做腎活檢。 患者凝血功能異常或者有出血性疾病，或者最近在用抗凝抗血小板藥物，容易導致穿刺時出血，所以需在凝血功能正常情況下才能做腎穿刺，以規避風險。血壓很高的患者，要把血壓控制好。