扁桃體角化癥的發病原因不明確，但經常由扁桃體的慢性炎癥持續不愈所導致。在慢性炎癥的早期可以針對病因進行去除，如果能有效去除病因，一般有可能逐漸恢復。如果扁桃體角化癥時間較長且角化相對嚴重，一般需要通過手術切除扁桃體來達到治愈的目的。扁桃體角化癥如果在早期發現，一般考慮去除病因來進行適當治療，扁桃體角化癥常和慢性扁桃體炎有關。慢性扁桃體炎的常見原因，和胃酸胃液反流刺激導致的反流性咽喉炎有關。大多數反流性咽喉炎的患者可以沒有明顯的反酸等自我感覺，因此得不到及時有效地治療而易持續存在，從而導致扁桃體慢性炎癥遷延不愈，時間過長有可能形成扁桃體角化癥。當發現扁桃體角化癥的情況，要注意排查胃酸胃液反流的因素，必要時使用抑制胃酸的藥物進行治療，才能取得好療效。