肥厚型梗阻性心肌病的治療核心是減少梗阻、降低流出道壓差，以減少猝死。同時對肥厚本身造成的心衰、心肌缺血進行一些藥物治療，同時做一些對心律失常的治療。肥厚型梗阻性心肌病最主要的治療核心，還是對梗阻的治療。梗阻的治療分成兩類，一個是藥物治療，一個是手術治療。通常先進行藥物治療，如果有梗阻時，選用β受體阻斷劑，比如倍他樂克、琥珀酸美托洛爾、比索洛爾，來減低流出道梗阻、降低流出道壓差，緩解癥狀。如果用了藥物，藥物用到最大耐受量，但是仍然還有癥狀，左心室的流出道壓差還是比較高，這時候其實沒有解決問題，猝死的風險還是比較大，也沒辦法正常生活，這時候可能就需要考慮到手術治療。如果流出道壓差在50mmHg以上時，認為是重度梗阻，如果藥物仍然不能解決這個問題，就考慮用外科手術的方法，把肥厚的心肌切掉一部分，讓肥厚的心肌變薄，以解除流出道的梗阻。或者用內科介入手術的方法，做化學消融，把室間隔人為地造成一部分壞死，或者做射頻消融，把肥厚的心肌變薄。其他的治療，包括緩解心絞痛、心衰，就使用一些利尿劑、普利類或沙坦類的藥物來治療心衰。同時如果有房顫，需要做抗凝治療和射頻消融治療，以解決心律失常的問題。