媽咪愛相對較安全，在其說明書中提到，在推薦劑量下服用，一般沒有見到明顯的副作用。但是會罕見地見到一些副作用，就是腹瀉次數可能會增加，但是通常停藥以后可以恢復。媽咪愛本身是OTC乙類的藥物，所謂的OTC就是指非處方藥，就是不需要經過醫生處方，可以自行在藥店購買的藥物。其中OTC乙類又是OTC中較安全的一類藥物，除了可以在藥店購買，還可以在賓館、超市等進行銷售、購買。所以媽咪愛作為枯草桿菌二聯活菌的制劑，相對比較安全，主要是用作調節人體腸道的菌群。雖然媽咪愛相對較安全，但要注意如果是過敏體質的患者，尤其是對媽咪愛中的成分，包括輔料成分過敏的患者，要禁忌服用，以免發生過敏反應的副作用。此外，在服用媽咪愛的過程中，也要關注和其他藥物之間有可能產生相互的不良作用。比如媽咪愛作為活菌制劑，如果是和抗菌藥物聯合使用，可能會減弱療效，所以應該分開服用。