做無痛胃鏡一般沒有痛苦，但是可能會有打針、出血等引起的疼痛，但是沒有胃鏡插管的痛苦。做無痛胃鏡麻醉師會提前注射麻醉的藥物，幫助睡著。如果是普通的胃鏡插管，可能會引起強烈的咽喉部的惡心、嘔吐等。但是部分人可能對麻醉藥有不良反應，甚至在用完麻醉藥蘇醒之后，開始出現頭暈、惡心等不舒服，有時候很難避免。大部分人在做無痛胃鏡的過程中比較舒適，不會出現這種明顯的痛苦。