中醫在治療肛瘺方面具有較多經驗，臨床具有顯著的療效。在中醫治療方面，對于肛瘺初形成時候，可用一些拔膿藥膏促進體表破潰，起到以藥代刀的作用，從而可到達早期排膿的目的。 在肛瘺術后恢復過程中，可局部用各式各樣的中藥。因肛瘺本身為感染性疾病，肛瘺的瘺管有一些腐肉存在，故用祛腐藥可促進腐肉早期脫下。在腐肉干凈以后可用生肌藥促進傷口快速愈合，局部中藥坐浴也可以緩解病人疼痛癥狀，改善病人術后恢復體驗。