小便有咖啡色分泌物，可以從以下原因進行分析：1、尿道炎癥和出血：小便有咖啡色分泌物，主要是尿道有炎癥和出血。當尿路有炎癥并出血的時候，炎癥會產生一些分泌物，尿道出血以后紅細胞溶解了，顏色可能變為咖啡色的分泌物；2、尿道腫瘤：如果泌尿系統里有腫瘤以后，尿液也會出現一些咖啡色的尿，或者有一些分泌物。這些咖啡色的分泌物，主要以尿液中血紅蛋白增多，紅細胞溶解為主要表現；3、其他：還有一些咖啡色的尿，可能和喝水、血紅蛋白尿也有關系，和尿有關但出現分泌物，往往是感染引起的。化驗分泌物里面有沒有細菌、白細胞、紅細胞，就能夠了解這種咖啡色的分泌物是什么。同時要化驗尿，明確蛋白是否增多。還要結合尿路的其他一些癥狀，如尿頻、尿急、尿疼，有沒有這些癥狀，如果有則需要做細菌培養，進一步檢查，如做B超泌尿系彩超，了解有沒有其他病變。如果沒有其他問題，僅是尿道的一些疾病，有時抗感染以后效果不好，還需要進行尿道鏡檢查或者是分泌物的細菌培養，了解是什么細菌，來判斷是什么原因。