肛周膿腫最佳治療方法是予以切開引流，屬于全球共識。肛周膿腫一旦診斷成立，應該及時予以切開引流，即手術治療，只是不同單位、不同醫生，可能對肛周膿腫切開手術的具體方法有所差異。有人可能是膿腔全層切開，創面比較大，有人可能是間段、跳躍性切開，創面稍小，但治療原則都是要徹底引流。有些醫院或者醫生可能僅僅予以切開引流，切開以后將膿液徹底清除為目的，也有的醫院可能在手術中，探查、尋找肛瘺內口，即引起肛周膿腫的病原。一般病原都是在括約肌間，肛隱窩腺的位置，肛隱窩腺感染是絕大多數肛周膿腫的病因，如果找到內口可能會進行肛瘺治療，穿過內口進行刮治、引流或者直接切開。目前，國際上還有相應報道，肛周膿腫形成以后可能予以穿刺，在膿腔內放置比較微細的引流管予以引流，這種手術方式雖然比較少，據報道效果較好，但是在國內尚沒有進行廣泛開展。總體來說，肛周膿腫治療方式建議切開引流，也必須予以切開引流，不建議用口服抗生素或者輸液治療。