川崎病治預后會復發，但是根據目前掌握的資料和經驗來看，川崎病治愈以后復發的幾率相當低，通常認為低于1%，即100個川崎病的兒童，經過治愈后，可能只有1-2個會復發。復發的情況在臨床上能夠看到，很多兒童甚至不止復發1次。有些兒童川崎病治療以后，又復發2-3次，每次表現都非常典型。而且川崎病治療后的復發和第1次得川崎病的表現往往都非常類似，都會出現持續的高熱不退、皮疹、眼睛紅，手足硬腫、口唇干燥皸裂、草莓舌、頸部淋巴結腫大等癥狀。復發后的治療手段與急性期第1次患川崎病的治療手段一樣，急性期是大劑量丙種球蛋白加阿司匹林，恢復期根據冠狀動脈損害的程度，選擇阿司匹林服用的療程。而且復發的川崎病發生冠狀動脈損傷的幾率會顯著提高，因為血管壁遭受多次打擊后，更容易發生冠狀動脈瘤。對于復發的兒童，必須密切注意冠狀動脈，可以通過超聲心動圖、CT或者造影來觀察冠狀動脈損傷的嚴重性。