肝移植3年后可能會發生排異反應，稱為慢性排異反應。肝臟以體液免疫為主，是由于循環當中特異性的抗體低水平的免疫應答所導致血管周圍炎癥，是移植物的血管內皮持續的低程度損害，并且伴有血管平滑肌細胞的增生，阻塞血管，使移植物功能逐漸下降。 雖然慢性排異反應發生幾率較低，表現為肝功能異常、黃疸，甚至胃底靜脈曲張，但是它所導致的后果非常嚴重，需要引起高度重視，積極地采取抗排斥治療。