存在結構畸形的先天性小耳畸形患兒可考慮手術處理，一般年齡＞6歲，身高1.2m，胸圍＞55cm可進行手術治療。但術后可能出現創面感染、植皮皮瓣壞死、軟骨外露、疤痕、創面疤痕形成、疤痕攣縮，從而影響再造耳廓塑形效果。 耳廓再造術是困難、復雜的手術，雖然現在能夠做到使再造耳廓形狀和正常耳廓相似，但由于正常耳廓軟骨屬于彈性軟骨，肋軟骨屬于透明軟骨，不含有彈性纖維，因此再造耳廓柔軟度和彈性度不能達到和正常耳廓完全匹配。對于要求行耳廓再造術并能夠理解手術困難，對結果抱現實態度的患兒皆可進行耳廓再造術，否則需要慎重。而目前針對小耳畸形手術目前有兩種方法： 1、直埋法，即Nagata法； 2、水囊法。 手術一般需要2-3次，每隔半年做1次，手術中均需要取自身肋軟骨進行雕塑，甚至還需要進行局部植皮治療。