醋酸氯己定主要具有消毒防腐的作用，是一個陽離子表面活性劑，具有比較廣譜的殺菌作用，對金黃色葡萄球菌、大腸桿菌以及白色念珠菌等常見病原菌都具有殺菌作用，醋酸氯己定對芽孢和病毒沒有殺菌效果。醋酸氯己主要作為一個外用的消毒防腐劑，可以用于皮膚消毒，也可以用于器械表面的消毒。除此之外，醋酸氯己定也有復方制劑的含漱液可以用于口腔消毒。需要注意的是，高濃度醋酸氯己定對黏膜具有比較強的刺激性。另外，醋酸氯己定不能夠與陰離子表面活性劑相配伍，也不能夠和碘酊同時使用，因為陰離子表面活性劑或碘酊都可能會使醋酸氯己定發生變性反應。