激光處理結石的方式主要是通過內鏡下進行治療。對于泌尿系統，結石可以分為上尿路結石和下尿路結石，上尿路結石包括腎結石和輸尿管結石，下尿路結石主要是膀胱結石和尿道結石。其治療方法是根據結石的大小、質地、部位以及合并問題進行處理。絕大多數需要手術治療，其中激光的碎石取石是目前治療一個重要的方向。治療的具體操作是通過精皮腎鏡、輸尿管硬鏡或者輸尿管軟鏡、膀胱鏡等方式，到達結石部位以后，激光光纖深入，將結石進行粉末化的處理，較大的結石碎塊可以直接取出，較小的結石碎塊自行排出。一般對于上尿路結石，還要留置雙截管促進結石的排出，然后在門診拔出雙截管。目前內鏡下進行激光的碎石取石治療，是結石治療的主流，其他的方法還包括應用氣壓彈道、EMS等手段來進行治療。目前開放的手術治療和腹腔鏡手術治療不是治療的主流。