小兒肌性斜頸并發癥，早期會出現大小臉、大小眼、高低肩，表現為患側面頰要小于健側，患側眼裂比健側小。高低肩即患側肩膀，有時可能比健側高。到了患病后期，出現比較嚴重的并發癥是脊柱側彎。上胸椎脊柱側彎是小兒肌性斜頸的比較嚴重的并發癥。另外，因為小兒肌進斜頸，導致患兒頭偏向一側，睡眠時間過長，會出現偏頭，這也是小兒肌進斜頸的并發癥。