核磁共振是所有影像檢查中用時最長的檢查，一般在15-20分鐘，根據檢查部位，以及選用核磁共振檢查序列不同，時間也會相應波動，有可能一次檢查需要30分鐘，如頭顱核磁共振檢查，大部分15分鐘左右可以完成，如果要做肝臟、膽囊、胰腺、脾臟等腹部實質性臟器核磁共振檢查，需要時間可能比較長。核磁共振檢查也分平掃以及增強掃描，平掃相對簡單，一般選4-5個序列可以解決基本問題。 碰到復雜疾病，如腫瘤性病變，在定性困難的情況下，需要做核磁共振增強檢查，時間比較長。首先需要空腹，再進行靜脈穿刺，穿刺是為引入造影劑。在檢查時選擇序列也較多，同時還會選擇不同部位多方位、多角度顯示病變，對腫瘤性病變甚至有時需要做大范圍核磁共振檢查，目的是排除腫瘤是否有其它地方累及以及轉移，用時一般也在30-40分鐘。