超聲胃鏡選擇無痛或有痛需結合醫院的實際情況，如果醫院的麻醉師非常充足，而且患者也不想承受更多的痛苦，就可以選擇無痛。如果醫院的麻醉師不足或者患者認為檢查5分鐘、10分鐘可以接受的情況下選擇普通的超聲胃鏡較好。因為畢做無痛的超聲胃鏡，麻醉以及麻醉后蘇醒要很長時間。 無論是無痛超聲胃鏡還是普通的超聲胃鏡，醫生的檢查以及報告的質量都沒有統計學的差異。如果順利，做超聲胃鏡的時間大概是5分鐘、10分鐘。如果做膽胰病變的檢查或超聲內鏡引導下的穿刺，可能時間會較長。