小兒肛瘺原發灶多在肛內肛竇，多由肛竇內肛腺感染引起，肛瘺發作時以肛周腫痛流膿為主要癥狀，如果出現流膿癥狀時說明肛瘺正處于發作期，肛瘺流膿癥狀通過保守治療或隨炎癥消退慢慢出現流膿停止，屬于肛瘺靜止期，隨原發病灶肛竇再次感染會出現腫痛流膿癥狀。 因此肛瘺整個發病過程往往分為發作期和靜止期交替，肛瘺腫痛、流膿癥狀消失并不意味肛瘺已經治愈，只是肛瘺炎癥暫時緩解，并且往往只是暫時，肛瘺一旦形成一般很難治愈，往往需要手術治療。