耳內鏡檢查是否疼痛有兩個主要因素，一個取決于患者本身的耳道情況，如果患者耳道比較狹窄或者彎曲度比較大，檢查者難以避免觸碰外耳道皮膚，就會出現檢查時疼痛的情況，同時也與檢查者的手法息息相關，經驗豐富的醫生在檢查過程中會盡量躲開耳道皮膚，從而避免患者產生疼痛。 耳道相對較為狹窄，而耳道里的皮膚又非常敏感，尤其是對疼痛的感覺非常敏感。耳內鏡是一種微創的檢查方法，如果術者檢查時手法較為輕柔，在檢查過程中盡量避開外耳道周邊皮膚，避免刺激外耳道皮膚，即可做到無痛、無創檢查。