尿道結核通常與其他細菌感染引起的尿道炎癥狀類似，均可出現尿頻、尿急、尿痛等刺激性癥狀。尿道中的感染性病變通常會導致劇烈尿痛，在排尿過程中以及排尿結束后，可以出現明顯的尿道內刺痛，或燒灼感的灼痛，有些疼痛比較劇烈，可能導致患者不敢上廁所。尿道結核多數源自腎結核，以及膀胱結核，即結核菌先累及腎臟，之后尿液帶結核菌不斷往下排，從而影響到輸尿管、膀胱，最終影響到尿道，有時可能也會影響到男性生殖系統，引起輸精管、附睪等結核樣改變。結核病是全身多系統、多器官受累的疾病，尿道結核癥狀通常與膀胱結核、腎結核等癥狀比較類似。