巧克力囊腫會影響試管嬰兒的成功率，主要是巧克力囊腫生長在卵巢局部，而卵巢是重要的排卵器官。如果在試管嬰兒過程中，促排卵治療的情況下，卵泡壁會出現(xiàn)增厚的現(xiàn)象，因此會影響排卵。并且卵巢囊腫生長在卵巢，卵巢又是重要的內分泌器官，因此有可能會影響內分泌嬰兒，影響試管嬰兒的成功率。所以建議如果是要做試管嬰兒的情況下，先把巧克力囊腫做手術治療之后，再考慮做試管嬰兒。并且在試管嬰兒前，還要做其他的準備，比如性激素六項的化驗、卵巢儲備功能的化驗、肝腎功能的檢查、血常規(guī)凝血時間的檢查、甲狀腺功能檢查等等。因此這是一個復雜的過程，要做好相應的心理準備。并且試管嬰兒目前在臨床上并不是百分之百都會成功，所以在做之前要給予了解。