月經不調包括的范圍比較廣，比如以月經稀發為主的月經不調，表現為月經量少、月經推遲、閉經等，還有以崩漏傾向為主的月經不調，表現為月經量多、經期延長、月經提前等，所以在各種月經不調的治療中，艾灸所選的穴位也不盡相同。艾灸比較適合月經偏少、推遲、痛經類的月經不調，月經量多的月經不調不建議使用，在軀干部可以選的穴位，比如中脘穴、神闕穴、氣海穴等，在四肢可以選三陰交穴、足三里穴、太沖穴、照海穴，穴位比較好找，而且比較方便。但是要注意原則上月經期不做艾灸，而且在艾灸時要注意防止燙傷，可以隔姜灸，即在艾灸時放一片姜，在姜上艾灸，既可以達到防止燙傷的作用，也能夠增加藥效，可以避免直接的皮膚損傷。艾灸最好是在醫生的指導下進行，有條件的最好到醫院找醫生艾灸，會更安全。