胎兒心臟彩超檢查，通常在孕18-28周進行，較為理想的時間應在24-28周，此時宮內空間較大，在羊水襯托下，可以清晰顯示胎兒心臟的解剖結構，容易獲得標準切面。但檢查時間并非絕對，比如在18周以前進行檢查，大多也可以發現胎兒復雜、嚴重的先天性心臟病，如單腔心、單心房、單心室，或者是完全性房室間隔缺損等。此種預后較差的先天性心臟病，及早發現較為有利。另外，還有部分胎兒的心臟異常會發生在孕晚期，如28周以后出現卵圓孔血流受限、卵圓孔早閉，或者是動脈導管早閉，此類胎兒的左右心比例會明顯失調，可見于右心增大，主動脈與肺動脈之間比例失調，三尖瓣大量反流，甚至影響到右心功能。當孕婦在孕晚期出現此情況，也需要做詳細的心臟超聲檢查。