因為皰疹性角膜炎是皰疹病毒感染，所以最主要的治療是抗病毒治療。臨床多用抗病毒藥物，如阿昔洛韋、更昔洛韋、病毒唑等。基質性、內皮性是由于對皰疹病毒的免疫反應參與，所以要采用糖皮質激素治療。 應用干擾素治療，可聯合應用干擾素，起到縮短病程的作用。還可聯合應用免疫抑制劑，如環孢霉素A等。因為除病毒感染因素，還有免疫因素參與，所以可使用免疫抑制劑。其它治療即輔助治療，可用潤滑眼表的藥物或人工淚液等。此外，如為病毒感染，需增強機體免疫力。