頭腦里面囊腫并不是十分危險，多數患者的頭部囊腫處于穩定狀態，是先天性囊腫，在后天過程中可能會逐漸增大而引起癥狀，但增大速度較緩慢，癥狀會逐漸加重。若患者的囊腫體積保持穩定，較長時間不增大且未引起癥狀，則無需進行特別干預及治療，進行定期臨床隨訪觀察以及神經影像學復查即可。若患者存在體積較小的頭部松果體囊腫或未引起癥狀的蛛網膜囊腫，通常可以采取定期觀察的方法進行處理。若患者囊腫體積較大且引起癥狀，如橋小腦角區表皮上囊腫引起面部疼痛、麻木以及頭疼、頭暈等癥狀，或垂體區Rathke囊腫使患者出現垂體功能障礙、視力障礙等情況，則需要通過神經外科手術處理。患者通常會進行微創手術，對全身功能的影響較小，手術處理較安全且預后較良好。因此頭腦囊腫通常并非過于嚴重，若引起癥狀，患者應及時到神經外科進行手術治療。若并無癥狀，則可進行臨床隨訪觀察。