真菌性角膜潰瘍在臨床體現為"癥征分離"，即癥狀和體征完全不相符。患者癥狀相對于細菌性角膜潰瘍和病毒性角膜潰瘍較輕，常表現為疼痛、畏光、流淚，此時異物感、分泌物不明顯，但醫生檢查時可發現角膜表面有較重的潰瘍，甚至具有特征性，如牙膏樣潰瘍、衛星灶等，為真菌性角膜潰瘍的特點。同時真菌性角膜潰瘍還有植物外傷史的特點，患病通常與植物相關，如下耕時被莊稼割傷或碰到角膜，以及游客被樹枝、植物碰到角膜，造成角膜擦傷，這時可形成真菌性角膜潰瘍。真菌性角膜潰瘍的治療與其他潰瘍不同，需使用抗真菌藥，如納他霉素、氟康唑滴眼液等，才可達到治愈目的。