放射性頜骨骨髓炎和常規頜骨骨髓炎有所區別，一般的頜骨骨髓炎由炎癥引起，所以在病理上經常可看到炎癥細胞引起的炎癥性反應變化、膿灶以及毛細血管增生炎癥反應。而放射性頜骨骨髓炎一般由過劑量的放射性物質所引起，此時主要表現為頜骨壞死，而不是炎癥性的反應。通常情況下，在顯微鏡下可看到小塊壞死性的骨組織，骨細胞不清晰，替代正常骨細胞的為壞死組織。同時，因為放射性頜骨骨髓炎并不是炎癥性疾病，所以不能夠看到炎癥性反應，比如淋巴細胞、漿細胞浸潤和膿灶細胞的形成，以上均沒有，而是單純由壞死骨組織和周圍沒有看到的骨細胞、成骨細胞引起，此為放射性頜骨骨髓炎和常規的骨髓炎不同之處。