多發性肝囊腫最佳治療方案，主要取決于囊腫的具體情況。如果囊腫都比較小，并沒有相關的癥狀，肝功能也正常，此種情況下最佳治療方法是定期隨訪、復查。如果有部分的囊腫過大，引起患者腹脹的癥狀，或因為有部分的囊腫出現出血、感染、膽漏等情況，同樣也引起患者感染性癥狀或其他癥狀，就需要進一步處理。處理方式可以是穿刺抽液，也可以考慮腹腔鏡微創手術或開腹手術，具體要根據患者的病情而定。具體如下：1、穿刺抽液：如果只是單純個別的囊腫增大明顯，囊腫內還是沒有出現感染、出血、膽漏等的風險，可以做穿刺抽液，降低囊腔內的壓力，但一般此方法只能暫時，并不能完全解決問題。2、手術治療：還可以考慮做腹腔鏡微創手術和開腹手術，相對腹腔鏡是微創手術，但是有些部位的囊腫可能無法達到完整的開窗效果，而一般做開腹的肝囊腫開窗，能夠對多發的大囊腫進行有效的開窗，相對會做得比較徹底，但一般手術治療也只是暫時，因為囊腔過多，在手術過后數年內有可能剩下的囊腫再次增大，引起相應的情況。針對發展到比較晚期的情況，如引起肝功能衰竭的情況下，一般手術治療效果也不佳，最終可能需要靠肝移植，才能獲得最有效的治療。