肺部穿刺檢查癌癥是一個方面，癌癥以外的其他疾病同樣也可以檢查。比如肺里有個結節或者有彌漫性病變，通常要進行穿刺檢查明確病變性質，可以是腫瘤也可以是炎癥，這種炎癥可以是感染性也可以是非感染性。感染性病變里，可以明確是哪種病原微生物的感染，比如是結核、隱球菌還是曲霉菌感染、毛霉菌感染，如果沒有痰、沒有其他分泌物可以檢查，有時做了灌洗液的檢查還無法診斷，可能就要進行穿刺檢查。腫瘤需要穿刺，還有一些良性的病變有時也是要區分是感染和非感染性的病變。結節病就要用激素治療，如果是感染性疾病，就要使用相應的抗感染藥物治療。各種不同的感染，也要用不同的抗感染藥物來治療，比如結核就要用相應的抗結核藥物，如果普通的細菌感染就用普通的抗生素。比如隱球菌就要用抗隱球菌的氟康唑，如果是曲霉菌感染就要用伏立康唑。毛霉菌就要用兩性霉素B，使用的藥物不同。穿刺檢查不光是檢查癌癥，也同樣可以檢查癌癥以外的感染和非感染性病變。如果是因為感染就要用抗生素，如果結節病、過敏性肺炎，都要用激素。如果診斷不正確，就會影響治療效果，甚至會使癥狀加重，所以為了明確診斷有時需要穿刺。