兒童抽動癥的病因目前不是很明確，確定的病因是跟遺傳有關系。在臨床上很常見，家長帶著兒童就診時，可以看到兒童擠鼻子弄眼，兒童的家長同時也在進行此動作，此情況較為常見。所以此病和遺傳有關系，另外跟腦功能的紊亂也有關。因為兒童的異常動作，都是由中樞神經系統控制，異常的動作都與大腦的異常放電，跟神經遞質，尤其是現在研究與5-羥色胺的神經遞質分泌功能、調節紊亂密切相關。所以治療兒童抽動癥的藥物，都作用于5-羥色胺系統的神經遞質。5-羥色胺又與人的情緒、動作密切相關，尤其是情緒，所以部分兒童還伴有抑郁狀態等表現。而兒童抽動癥確切的病因不太清楚，可能與神經遞質的調節功能紊亂和遺傳因素密切相關。