引起新生兒腦損傷的原因較多，但是治療方法大多類似。未滿月的新生兒，主要針對性應用腦保護劑，例如營養神經藥物，包括神經節苷脂或鼠神經生長因子等藥物促進神經細胞保護、減少腦水腫對神經細胞損害。部分治療包括低溫療法和亞低溫療法，減輕腦水腫對腦部損害。 年齡較大、體重4kg以上、40天以上兒童可以進行手法康復治療，包括運動療法和傳統推拿、按摩、小兒捏脊等治療，同時也可運用物理因子治療，包括腦電仿生治療、腦部磁療、水療、嬰兒游泳以及藥浴等。