核磁共振檢查本身沒有任何副作用，但是在高場強的環境中做檢查，核磁共振有一些禁忌癥。 絕對禁忌癥的患者包括有心臟起搏器、神經刺激裝置、心臟瓣膜置換，特別是人工金屬瓣膜，腦內動脈瘤夾閉金屬性物質、眼內金屬異物、內耳植入物、金屬假體、假肢、假關節等。此類患者絕對不能進入磁共振檢查室；相對禁忌人群包括妊娠3個月婦女、高熱驚厥、檢查部有鐵質性物質、體內有治療泵、幽閉恐懼癥患者。 所以磁共振檢查本身沒有副作用，但是由于有強大磁場，會有禁忌癥。