三維彩超在胎兒大排畸時，是非常必要的檢查，從頭顱、神經系統到消化系統。尿系統以及心臟、四肢、顏面等均可以做篩查，但只能做結構上的篩查。對于有無腦癱、聽力和視力問題以及智力問題，三維彩超則無法檢查出來。 做大排畸檢查時是以普通的二維彩超為基礎，三維僅作為補充，分為表面成像以及多平面成像等較多模式。三維主要對于顏面、四肢、脊柱成像，為孕婦提供較直觀的圖像，以便更能看懂圖像，也為孕婦提供胎兒的第一印象。排畸主要以二維彩超為主，三維彩超為輔，所以不要認為三維彩超比二維彩超好，能排查出更多的畸形。