高壓氧治療的不良反應有氣壓傷、氧中毒以及減壓病。氣壓傷包括中耳、鼻竇、肺氣壓傷，發生在治療的加減壓過程中。人體局部的內外受壓不均勻，到達一定的程度而出現明顯的壓力差而造成。其中中耳、鼻竇氣壓傷相對多見，但發生可以預防和及時處理，即使出現中耳、鼻竇氣壓傷，癥狀也比較輕，在停止高壓氧治療后一周左右可以自行恢復。而肺氣壓傷的發生非常罕見。氧中毒是大家最為擔心的問題，甚至可以說是談氧色變，它的發生需要一定量的蓄積，例如在3個大氣壓下吸氧要持續到3個小時以上才可能出現氧中毒的癥狀。常規的治療壓力在2個大氣壓左右，穩壓間斷吸氧，持續吸氧的時間不會超過30分鐘。在掌握了高壓氧治療適應癥、禁忌癥以及嚴格執行操作規范的前提下，氧中毒的發生極為罕見。減壓病是因環境壓力下降的幅度過大，速度過快而發生，除非緊急減壓，常規的高壓氧治療不會發生減壓病，所以高壓氧治療是一種安全、無創的治療方法。